Năm 2040 sau Công nguyên Ba mươi năm đã trôi qua kể từ trận chiến giữa Trái đất và lực lượng Zentraedi đã thay đổi cuộc sống của cả hai chủng tộc. Trên hành tinh Eden, một dự án tuyệt mật được gọi là "Siêu tân tinh" đang được tổ chức để xác định máy bay chiến đấu biến thế hệ tiếp theo của U.N. Spacy.