Merc Storia diễn ra trong một thế giới nơi con người và quái vật cùng tồn tại. Nhân vật chính, Yuu, là một thầy lang tập sự và sở hữu khả năng thuần hóa quái vật. Trong hành trình tìm lại ký ức về Merc, một cô gái bị nhốt trong chai, cả hai bắt đầu cuộc hành trình.