Ba anh em phát hiện ra rằng thí nghiệm của con người bị cấm sau khi tiêu diệt "Orochi", vẫn đang tiếp tục bí mật hồi sinh con rắn độc ác. Họ cũng phát hiện ra rằng một số cựu thành viên của Yamainu (đơn vị quân đội Nhật Bản được thành lập để tiêu diệt con rắn) đứng sau âm mưu này. Hai anh em lại cùng nhau chiến đấu trong trận chiến chống lại quân đội.