12.000 năm sau các sự kiện trong Genesis Aquarion, con người sống trên ngôi sao Vega dưới sự đe dọa thường xuyên của những sinh vật xuyên chiều được gọi là Kẻ bắt cóc. Những kẻ thù này bắt nguồn từ ngôi sao chị em của Vega là Altair và tấn công Vega để lấy mạng con người.